در سال ۱۳۹۰ و مقارن با دومین دهۀ برگزاری جایزه مهرگان علم، دبیرخانه جایزه با تأکید بر نقش با اهمیت و تأثیرگذار تشکل‌های مردم‌نهادِ زیست‌محیطی در ارتقای فرهنگ شناخت و حفاظت از محیط زیست ایران از یک سو و ضرورت معرفی و تشویق این تشکل‌ها و گروه‌های مردمی از سوی دیگر، پیشنهاد کرد در جایزه مهرگان علم در حوزه محیط زیست، یک بخش مستقل به انتخاب برترین تشکل‌های مردم‌نهاد اختصاص داده شود. این پیشنهاد دبیرخانه به اتفاق آرا به تصویب هیأت داوران جایزه مهرگان علم رسید و از دورۀ بعد این بخش از جایزه مهرگان علم با انتخاب «مدرسۀ طبیعت» کاوی‌کٌنج مشهد به مدیریت سیمین کاظمی، «کانون آشنایی با حیات وحش» به مدیریت دنا ضیایی و «کانونِ سبز فارس» به مدیریت بهمن ایزدی آغاز به کار کرد. در این دوره همچنین «مؤسسۀ خزنده‌شناسان پارس» به مدیریت هانیه غفاری و برنامۀ تلویزیونی «هوای تازه» با تهیه‌کنندگی و اجرای افشین زارعی و محمدعلی الله‌قلی تقدیر شدند.
در دورۀ فعلی جایزه مهرگان علم، به دلیل شیوع ویروس کووید ۱۹ امکان برگزاری جلسات حضوری میان داوران وجود نداشت اما داوران در هماهنگی کامل با دبیرخانۀ جایزه به مدت هجده ماه در جریان فعالیت‌ها و شرح حال ۵۶ تشکل مردم‌نهاد از سراسر ایران قرار گرفتند. علاوه بر آن در مواقعی که ضرورت داشت بازدیدهای میدانی در محل فعالیت تشکل‌ها از سوی یکی دو تن از داوران یا اعضای دبیرخانه انجام می‌‌شد تا عملکرد مؤثری از چشم داوران پنهان نماند، در ارزیابی داوران ۱۴ تشکل مردم‌نهاد که فعالیت آن‌ها در زمینۀ جذب و آموزش جوامع محلی، ترویج آموزه‌های زیست‌محیطی، کمک به حفظ و توسعۀ زیست بوم‌های پایدار، جلب توجه عمومی به طبیعت و حیات وحش منطقه، حفاظت از جنگل‌ها و منابع آب و خاک، ارایه مقالات زیست‌محیطی و عضویت در مجامع و سازمان‌های داخلی و بین‌المللیِ محیط زیست بود انتخاب شدند. عملکرد همۀ این تشکل‌ها که در مناطق مختلف ایران پراکنده بودند اثرگذار، ارزنده و قابل توجه بود اما هیأت داوران بر حسب وظیفه خود باید از میان آن‌ها ۷ تشکل و در نهایت تشکل برگزیده، تحسین‌شده‌ها و تقدیرشدگان را انتخاب می‌کرد، هفت تشکل عبارت بودند از:
۱- انجمن دوستداران دماوندکوه در آمل مازندران به دبیری مهدی مسچی
۲- انجمن دوستداران محیط زیست و طبیعت کلمُرز در کهنوج کرمان به مدیریت عادل سالاری
۳- انجمن سبز چیا در مریوان کردستان به مدیریت محمد ناجی کانی سانانی
۴- انجمن سرو سبز دالاهو در کرمانشاه به مدیریت کسری حیدری
۵- جمعیت دوستداران محیط زیست- طبیعت‌یاران اصفهان به مدیریت بهجت قریشی‌نژاد
۶- جمعیت دیده‌بان طبیعت شاهرود به مدیریت امیرحسین ولیان
۷- کمپین مردمی حمایت از زاگرس مهربان در شهرکرد چهارمحال و بختیاری به مدیریت یوسف فرهادی بابادی
هیأت داوران جایزه مهرگان علم با قدردانی از زحمات همه کُنشگران و دست‌اندرکاران حفاظت از حیات وحش و محیط زیست ایران با اکثریت آرای داوران برگزیدگان چهاردهمین و پانزدهمین دورۀ جایزه مهرگان علم را اعلام کرده، دریافت تندیس، لوح تقدیر و جایزه مهرگان علم را به آنان تبریک می‌‌گوید.
- تشکل برگزیده: جمعیت دیده‌بان طبیعت شاهرود
شایسته دریافت تندیس مهرگان علم، لوح تقدیر و جایزه نقدی
- نخستین تشکل تحسین‌شده هیأت داوران: انجمن دوستداران محیط زیست و طبیعت کَلمُرز
شایسته دریافت لوح تحسین هیأت داوران جایزه مهرگان علم
- دومین تشکل تحسین‌شده هیأت داوران: انجمن سبز چیا
شایسته دریافت لوح تحسین هیأت داوران جایزه مهرگان علم
- نخستین تشکل تقدیرشده جایزه مهرگان علم: انجمن دوستداران دماوندکوه
شایسته دریافت لوح تقدیر جایزه مهرگان علم
- دومین تشکل تقدیرشده جایزه مهرگان علم: جمعیت دوستداران محیط زیست-طبیعت‌یاران اصفهان
شایسته دریافت لوح تقدیر جایزه مهرگان علم
هیأت داوران جایزه مهرگان علم وظیفه خود می‌داند با توجه به رقابت نزدیک هفت تشکل راه یافته به مرحله نهایی این دوره جایزه از مدیر و اعضای دو تشکل سرو سبز دالاهو و کمپین مردمی زاگرس مهربان نیز قدردانی کرده و برای آن‌ها در ادامه خدمات موثرشان آرزوی موفقیت کند.
هيأت داوران جایزه مهرگان علم
چهاردهم اسفندماه ۱۳۹۹
زنده‌یاد اسکندر فیروز
هوشنگ ضیایی
اسماعیل کهرم
عبدالحسین وهاب‌زاده
زهرا قلیچی‌پور
محمد درویش
مژگان جمشیدی
